Su participación en la independencia dominicana fue muy importante ya que de los tres padres de la patria él era el militar, conocedor de estrategias de batalla, Duarte era el ideólogo, y Sánchez era el político que con su carisma lograba convencer a las multitudes de la necesidad de separación.
Convocó e hizo posible una alianza entre los trinitarios y los reformistas haitianos que combatían contra Boyer. Esto trae como consecuencia de que el 16 de enero de 1844 firme el Acta de Separación, en la cual se proclama la necesidad de separarse de la opresión haitiana y se hace oficial la unión de liberales y conservadores.
Durante la guerra de independencia ocupó la Región Norte para impedir la penetración haitiana. En la proclamación de independencia el 27 de febrero de 1844, Mella disparó el famoso trabucazo que consagró el nacimiento de la República Dominicana. Mella es quien proclama a Duarte como presidente de la Junta Central Gubernativa para evitar que alguno de los afrancesados, que eran partidarios del colonialismo en lugar de la república, ocupara el poder. Por esta actitud Pedro Santana lo expulsa del país.